Theo các nghị quyết của hội đồng trường Trường đại học Y Dược TP.HCM, ba trường thuộc nhà trường được thành lập có hiệu trưởng riêng của mỗi trường.

Ba trường vừa được thành lập thuộc Trường đại học Y Dược TP.HCM gồm Trường Y, Trường Dược và Trường Điều dưỡng - Kỹ thuật y học.

Trường Y là đơn vị đào tạo thuộc Trường đại học Y Dược TP.HCM được thành lập trên cơ sở tổ chức lại khoa y với cơ cấu tổ chức gồm hiệu trưởng, các phó hiệu trưởng; hội đồng khoa học và đào tạo; các phòng ban chức năng (phòng quản trị tổng hợp, phòng khoa học - đào tạo - đối ngoại, phòng đảm bảo chất lượng và khảo thí); 30 bộ môn; các trung tâm (Trung tâm Bác sĩ gia đình, Trung tâm Huấn luyện nâng cao mô phỏng lâm sàng).

Trường Dược là đơn vị đào tạo thuộc Trường đại học Y Dược TP.HCM được thành lập trên cơ sở tổ chức lại khoa dược với cơ cấu tổ chức gồm hiệu trưởng, các phó hiệu trưởng; hội đồng khoa học và đào tạo; các phòng ban chức năng (phòng quản trị tổng hợp, phòng khoa học - đào tạo - đối ngoại, phòng đảm bảo chất lượng và khảo thí); 12 bộ môn.

Trường Điều dưỡng - Kỹ thuật y học là đơn vị đào tạo thuộc Trường đại học Y Dược TP.HCM được thành lập trên cơ sở tổ chức lại khoa điều dưỡng và kỹ thuật y học với cơ cấu tổ chức gồm hiệu trưởng, các phó hiệu trưởng; hội đồng khoa học và đào tạo; các phòng ban chức năng (phòng quản trị tổng hợp, phòng khoa học - đào tạo - đối ngoại, phòng đảm bảo chất lượng và khảo thí); 8 bộ môn; Trung tâm Huấn luyện kỹ năng điều dưỡng - kỹ thuật y học.

Như vậy bên cạnh 3 trường vừa được thành lập, hiện nay Trường đại học Y Dược TP.HCM còn có 4 khoa: khoa Răng hàm mặt, khoa Y tế công cộng, khoa Y học cổ truyền, khoa Khoa học cơ bản.

Nhà trường còn có Bệnh viện Đại học Y Dược TP.HCM (3 cơ sở), 11 phòng chức năng, 7 trung tâm, và 4 đơn vị chức năng.

Trường đại học Y Dược TP.HCM đặt mục tiêu sẽ phát triển thành đại học hàng đầu Việt Nam và trong nhóm 100 đại học hàng đầu châu Á về lĩnh vực khoa học sức khỏe.

Tiền thân của trường là Trường đại học Y khoa Sài Gòn, thường gọi là Y khoa Đại học đường Sài Gòn, được thành lập như một phân hiệu của Trường Y khoa Hà Nội vào năm 1947.

Trao thêm quyền thay vì bỏ đại học quốc gia

Trong bối cảnh giáo dục đại học đang thay đổi nhanh chóng, câu hỏi liệu có nên tiếp tục duy trì mô hình đại học quốc gia đang được nhắc lại với nhiều ý kiến trái chiều.